Все участники тендера платят налоги, используя именно ту систему, которой пользовались ранее.
Поставщики стоит запомнить, что заказчику неважно какая у вас система налогообложения, и работаете вы с НДС или нет. Для заказчика важно лишь то, чтобы вы выполнили контракт.
Итак, если вы ООО или ИП, то налоги вы платите самостоятельно, согласно налоговому кодексу. Если же вы участвуете в тендерах как физическое лицо, то налоги за вас заплатит заказчик, удержав их из стоимости контракта.
И тут нужно быть внимательным заказчикам, если вы не пропишите условие о том, что налоги при победе физ лица, вы будете платить удержав их из суммы контракта, то поставщик может оспорить ваши действия в суде и платить вам придется из личных средств.
В настоящее время процент физических лиц значительно уменьшился в участниках тендерах. Возможно это связано именно с налогообложением. Так как НДФЛ больше, чем сумма всех налогов, которые платит ИП.
Самозанятые были выделены в самостоятельный вид участника тендеров, но со стороны налогообложения в госзакупках они рассматриваются как физические лица. Возможно со временем что-то измениться.